Conservateur général du patrimoine et docteur en histoire de l’art, Emmanuel Coquery est spécialiste de l’art du XVIIe siècle et du tournant des XIXe et XXe siècles. À sa sortie de l’École du Patrimoine en 1995, il est nommé au musée des Beaux-Arts de Nantes.
En 1997, il rejoint le département des Objets d’art du musée du Louvre, où il est chargé des tapisseries. Cette même année il est pensionnaire à la Villa Médicis. En 2004 il prend la direction des musées de Troyes, et celle du musée d’Art moderne – donation Pierre et Denise Lévy. En 2007, il rejoint l’agence France Muséums en tant que directeur scientifique adjoint.
La Maison CHANEL lui confie en 2011 la création et l’animation de sa direction du Patrimoine. Il prend en 2017 la direction scientifique de la RMN-Grand Palais, avant de rejoindre le musée d’Orsay en 2019, en tant que directeur adjoint des collections et de la conservation.
